![[综合交流]请问MD模拟是不是时间越长越好？大概](/0.jpg)
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[综合交流]
请问MD模拟是不是时间越长越好？大概
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hyr95
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楼主
发表于 Post on 2020-9-29 09:22:35
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请问 QM/MM之前的MD模拟是不是时间越长越好？大概要模拟多久？如果单纯跑MD又要模拟多久呢？
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发表于 Post on 2020-9-29 09:34:28
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理论上当然是越长越好
具体模拟多久要看你想要模拟的"事件"的发生时间，比如水分子间的结合和解离就是ps时间尺度的事件
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发表于 Post on 2020-9-29 10:39:55
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2楼的回复 我稍微补充一下 增长了时间也要注意输出时候的采样数量 。别因为模拟时间长 也就采样输出的间隔也就拉长 从而错过一些重要信息。当然 胞内 样品多了 从统计上来看 我这个补充没啥意义。
恍惚月余，深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习，才能与强者比肩。
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发表于 Post on 2020-9-29 10:42:23
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注意对构象空间的分析
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sobereva
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发表于 Post on 2020-9-29 11:53:06
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不说具体研究什么问题，说需要跑多长时间根本就是毫无意义的
诸如模拟纯水性质几百ps足矣，而模拟蛋白质折叠甚至需要跑到毫秒尺度
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楼主 Author|
发表于 Post on 2020-9-30 10:09:57
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sobereva 发表于 2020-9-29 11:53
不说具体研究什么问题，说需要跑多长时间根本就是毫无意义的
诸如模拟纯水性质几百ps足矣，而模拟蛋白质折 ...
想做QM/MM，在这之前要做个MD，所以想问一下模拟的时间问题
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发表于 Post on 2020-9-30 19:20:14
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hyr95 发表于 2020-9-30 10:09
想做QM/MM，在这之前要做个MD，所以想问一下模拟的时间问题
如果研究的是平衡状态，先跑个5ns看看RMSD曲线，花不了什么时间。如果不够，之后再续跑
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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发表于 Post on 2020-10-4 15:47:23
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sobereva 发表于 2020-9-30 19:20
如果研究的是平衡状态，先跑个5ns看看RMSD曲线，花不了什么时间。如果不够，之后再续跑
谢谢老师
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